Die Suche kann mit Hilfe des Suchfelds in der Kopfzeile gestartet werden (solange die Standardvorlage verwendet wird).

Grundsätzlich wird eine logische UND-Suche durchgeführt. Das bedeutet, dass die suche mit allen Wörtern durchgeführt wird. Groß- und Kleinschreibung wird nicht berücksichtigt.

Die erweiterten Suchmöglichkeiten sind weiter unten aufgeführt. Alle Suchmöglichkeiten können miteinander kombiniert werden. Beispiele werden in eckigen Klammern [ … ] dargestellt.

Um einen Suchbegriff auszuschließen, ist diesem ein Bindestrich - voranzustellen. So werden mit der Suche [ dokuwiki -plugin ] alle Seiten herausgesucht, die den Begriff „DokuWiki“ enthalten, aber nicht den Begriff „Plugin“.

Eine Fragmentsuche kann mit vorangestelltem oder angehängtem Sternchen * durchgeführt werden. Während der Suchbegriff [ wiki ] auch nur die Einträge mit dem Wort „wiki“ findet, würde eine Suche mit [ *wiki ] auch das Wort „DokuWiki“ finden. Genauso können die Suchbegriffe [ wiki* ] als auch [ *okuwiki* ] verwendet werden.

Die Verwendung von * ist jedoch nicht innerhalb des Begriffes möglich wie [ doku*iki ].

Mehrere Worte in doppelten Anführungszeichen werden in exakt dieser Konstellation gesucht. [ „Installation von Dokuwiki“ ]

Die Suche kann auch auf Namensräume eingeschränkt werden, indem ein @ oder ns: dem Suchbegriff vorangestelllt werden. Um dagegen bestimmte Namensräume auszuschliessen, müssen diese mit ^ oder -ns:

So wird der Ausdruck „wiki“ @wiki:docs @work:docs den Suchbegriff „wiki“ im Namensraum wiki:docs und work:docs suchen.

Wenn in das Suchfeld der Anfang eines Seitennamens eingegeben wird, erscheint in den meisten, modernen Browsern nach einer halben Sekunde automatisch ein Popup mit allen passenden Seitennamen.

DokuWiki verwendet einen Index um sogar in großen Wikis Suchanfragen sehr schnell zu verarbeiten. Um alles finden zu können, muss der Index mit den aktuellen Daten gefüllt sein. Informationen über den Seiteninhalt werden hinzugefügt und abgeändert, wenn sich ein User die Seite anzeigen lässt. Jede Seite enthält ein unsichtbares Bild (webbug), dass die Index-Aktualisierung aufruft, falls nötig.¹⁾ (Die Aktualisierung gilt als nötig, falls der Zeitstempel der Seite neuer ist, als der Zeitstempel der Index-Datei.)

Der Index besteht aus verschiedenen Dateien, die im Verzeichnis data/index liegen. „w[n].idx“ beinhaltet eine Liste aller Wörter (mit Ausnahme von Stoppwörtern), der Länge n, die auf den Wikiseiten vorkommen. Pro Zeile in „w[n].idx“ gibt es eine Zeile in „i[n].idx“, welche die Seiten, auf denen das Wort vorkommt, in der Form „pn*freq“ auflistet. „pn“ ist eine Zeilennummer von „page.idx“, „freq“ ist eine Zahl, die angibt, wie oft das Wort auf der Seite vorkommt. Kommt das Wort auf mehereren Seiten vor, sind die Seitenreferenzen mit einem Komma getrennt.

Der indexer benutzt eine sprachspezifische Stoppwort-Datei, die eine Liste von sehr alltäglichen Begriffen, die niemals indiziert werden (z.B. das Wort „das“ im Deutschen). Eine Suche nach einem solchen Begriff wird keine Treffer liefern.

Wenn ein Wiki von einer älteren Version ohne Index upgedatet wird, wird die Suche keine Treffer liefern, bis der Index erstellt wurde. Man kann entweder warten, bis dies durch das Stöbern im Wiki passiert, oder das bereitgestellte Kommandozeilen-Skript verwenden, um den Index zu aktualisieren.